Bjørnemose var oprindeligt en bondegård og tilhørte Kronen, indtil Frederik II (1534-1588) i 1574 mageskiftede gården til Geske Brockenhuus mod til gengæld at få noget jord på Kolding-egnen.

Senere kom gården atter til Kronen, indtil Jakob Ulfeldt i 1618 gennem endnu et mageskifte overtog Bjørnemose. Ulfeldt, der i 1609 var blevet rigskansler, ejede en række store herregårde, bl.a. Egeskov, Urup og Orebygaard. Bjørnemose var således blot én af hans mange besiddelser, og muligvis var gården ved hans overtagelse endda ikke engang en herregård. Så sent som i 1619 omtales der i kilderne flere beboere af gården, hvilket kunne tyde på, at gården på det tidspunkt endnu var en bondegård.

Ulfeldts svigersøn Otto Krafse overtog Bjørnemose i 1630, men solgte gården allerede i 1638. Den nye ejer var Henning Valkendorff. Han havde i sin ungdom studeret i Leiden og Leipzig, inden han i 1628 blev lensmand på Odensegaard. Trods posten som lensmand døde Valkendorff som en fattig mand, og ved hans død i 1658 overgik Bjørnemose til Hans von Ahlefeldt, der var en af hans kreditorer.

I 1662 solgte Hans von Ahlefeldt gården til Henning Valkendorffs enke, Margrethe Blome, der sad som Bjørnemoses ejer til sin død i 1676.

I 1707 kom Bjørnemose til Erik Skeel, der havde giftet sig med Henning Valkendorffs barnebarn, Anna Beate Valkendorff. Skeel ejede i forvejen Arreskov og Faarevejle, men havde ikke desto mindre også tid til at interessere sig for Bjørnemose, hvis jordtilliggende han udvidede. I 1721 købte han øen Turø og fordoblede derved Bjørnemoses jordtilliggende.

Ved Skeels død overgik Bjørnemose først til broren Mogens Skeel og senere til søsteren Ide Skeel, som i 1742 solgte gården til sin svigersøn Erik Christian Sehested. Sehested døde barnløs i 1757, og arvingerne solgte i 1758 Bjørnemose til Jens Juel, der købte gården til datteren Elisabeth Juel. Hun blev året efter gift med Christian Ahlefeldt-Laurvig fra Tranekær, og ægteparret slog sig ned på Bjørnemose. Ahlefeldt-Laurvig tilhørte den gamle skole og var stærkt imod de landboreformer, der blev indført i slutningen af 1700-tallet, idet han mente, at “…varer det ved, henter djævlen alle grevskaber, baronier og adelsmænd; nu skulle vi alle blive bønder”.

Elisabeth Juel og Christian Ahlefeldt-Laurvig fik sammen 14 børn, hvoraf sønnen Vilhelm Carl Ferdinand Ahlefeldt-Laurvig arvede Bjørnemose ved farens død i 1791. Han solgte i 1804 gården til Albrecht Christoph von Heinen, som allerede i 1811 solgte gården videre.

Den nye ejer var Peter Johansen Neergaard. Alene i 1811 solgte han 66 af godsets fæstegårde, og året efter solgte han også hovedparcellen til Adam Gottlob Josva von Bülow. Efter nogle relativt hurtige ejerskifter købte Erik Carl Bille Brahe i 1854 Bjørnemose, hvorved gården atter fik adelige ejere.

Erik Carl Bille Brahe gennemførte de følgende år en omfattende ombygning af gården. Efter hans død i 1866 solgte enken, Hedvig Charlotte Amalie Schaffalitzky de Muckadell, i 1867 gården til Jens Hansen, hvis efterkommere ejede gården frem til 1995.

Fra 1995 har gården været ejet af anpartsselskabet Bjørnemose ApS v/ Heidi Sommer. Som i 2017 solgte ejendommen til Vagn Bjørnemosen.

Heidi Sommer var i ond tro, da hun solgte Bjørnemose Gods til Vagn Bjørnemosen. Hun skulle betale en erstatning  3.116.000 kroner.